Al sur del Desierto de Atacama, la geografía chilena cambia drásticamente, dando paso a una formación inusual: los valles transversales. En esta zona, la cordillera de los Andes cambia su carácter volcánico y extiende sus brazos hacia el mar, formando suaves cordones montañosos en sentido oeste-este.
Estos brazos se unen con la cordillera de la costa, dando vida así a los valles transversales de Copiapó, Huasco, Elqui, Limarí y Choapa. Estos valles se estructuran en torno a ríos que corren de cordillera a mar y llevan los nombres de los valles que alimentan.
En la zona predomina el clima semi árido, con precipitaciones que no superan los 150 mm anuales y una temperatura promedio de 16ºC. Los cielos son limpios y despejados la mayor parte del año, condición que ha impulsado la presencia de importantes observatorios astronómicos como Cerro Tololo y La Silla.
En zonas de la región de Atacama se presenta el fenómeno del Desierto Florido. Las precipitaciones provocan que los suelos áridos, ahora húmedos por la lluvia, alberguen el florecimiento de las semillas y bulbos enterrados en ellos. Añañucas rojas y amarillas, coronillas del fraile, garras de león, suspiros de color celeste y lila, malvillas blancas y azules, la Pata de Guanaco fucsia y otras tantas variedades endémicas adornan el desértico paisaje de la región de Atacama y lo transforma en un mar de vida y colores. El proceso de floración se inicia al terminar julio y puede continuar hasta noviembre, con mayor intensidad en las zonas con influencia costera y al interior.
La vegetación habitual es xeromórfica (adaptada a ambientes secos), con abundante presencia de cactáceas. En los valles del sur es usual la presencia de matorrales, arbustos bajos y árboles como el algarrobo, molle, espino y guayacán.
La fauna está compuesta por arácnidos, lagartijas, mamíferos tales como el zorro culpeo y chilla, además de la presencia de roedores como la chinchilla y el cururo. Entre las aves destacan el picaflor común, la diuca, el tiuque y el cernícalo.
Las condiciones geográficas, hídricas y climáticas de los valles transversales fueron favorables para el asentamiento humano: el territorio fue habitado por diversas culturas, quienes dejaron vestigios de hasta hace unos 11 mil años atrás.
Si bien los primeros habitantes fueron cazadores, hacia el año 2750 A.C. las poblaciones comenzaron a incorporar la alfarería y agricultura. Las culturas Copiapó, Molle y Diaguita cultivaban los valles transversales, cosechando porotos, maíz, quínoa, zapallo y otros vegetales que regaban con canales construidos para ese fin. También se dedicaban a la caza, pesca y recolección de frutos silvestres. Eran hábiles alfareros, tejedores y pastores de camélidos. Aprendieron a trabajar el cobre, bronce, oro y plata.
Hacia el año 1470, la cultura Inca incorporó el territorio al Tawantinsuyo. Gracias al potencial agrícola y minero de la zona, los incas implementaron una red vial con tambos y caminos, redistribuyeron tierras, mejoraron las técnicas de regadío, incorporaron adelantos en la arquitectura y metalurgia, así como la introducción de nuevos elementos rituales y la lengua quechua. Así, el impacto de la invasión no fue solo bélico, sino que también incorporó nuevos elementos a la conformación del territorio y a la organización política regional.
A mediados del siglo XVI, los conquistadores llegan a este territorio, modificando drásticamente la cultura, tradiciones y forma de vida de los habitantes de los valles transversales.
La historia de esta zona, sumada a su geografía, cultura y habitantes, dan vida al terruño o terroir pisquero: conjunto de factores que involucran una zona geográfica, un suelo característico, condiciones climáticas, flora, la influencia del hombre en ese espacio y sus técnicas para producir un producto único, imposible de reproducir en ninguna parte del mundo.